藥師如來十二大願之殊勝
善住寶海妙寶同 法幢光音光勝融
無憂自在淨琉璃 圓滿香積七佛通
據《藥師琉璃光如來本願功德經》記載，藥師佛在因地修行菩薩道時，曾發十二大願，願為眾生解除疾苦，使具足諸根，趨入解脫，故依此願而成佛，住淨琉璃世界，其國土莊嚴如極樂國。
《藥師十二大願贊偈》
十二大願，
饒益有情，
密咒加持德難名，
禮念願圓成，
怨業冰清，
壽永福慧宏。
第一大願：相好如我願。
經文原文：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴其身;令一切有情，如我無異。
解讀：在其來生得無上正等正覺時，使身體充滿光明，莊嚴美好，而且使眾生也如同自己一樣。
第二大願：身光利他願。
經文原文：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴過於日月;幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
解讀：在其來生覺悟時，身體明淨，功德無量，使眾生得到開示，能夠隨心所欲。
第三大願：資生無盡願。
經文原文：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
解讀：在其來生覺悟時，具有佛教無量的智慧和方便，使眾生得到無窮無盡的可使用的物品。
第四大願：安住菩提願。
經文原文：願我來世得菩提時，若諸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中;若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
解讀：在其來生覺悟時，使眾生中有錯誤觀念的人都得到覺悟;使佛教中持小乘思想的人都趨入大乘。
第五大願：戒行清靜願。
經文原文：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
解讀：在其來生覺悟時，如果眾多有情皈依佛教修梵行時，都能守戒。如果犯了戒，一旦聽到藥師如來之名，就能得到清淨，免於墮入惡道。
第六大願：諸根完具願。
經文原文：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，丑陋頑愚，盲聾喑啞，攣躄背偻，白癞癫狂，種種病苦。聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
解讀：在其來生覺悟時，使那些身有殘疾，形態丑陋，有諸病苦的人，聞我名已，都能身體健康，形態端莊，消除種種疾苦。
第七大願：安康樂道願。
經文原文：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦。我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬、資具悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
解讀：在其來生覺悟時，使那些貧病交迫，窮困潦倒，無家可歸者，能夠在聽了藥師如來的名號之後，可以病痛消除，有家有財，身心安樂，獲得無上的覺悟。
第八大願：轉女成男願。
經文原文：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身。聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
解讀：在其來生覺悟時，那些為女人百惡所逼迫煩惱而不想再作女人者，一聽到我的名號，轉變成男人，並獲得無上覺悟。
第九大願：改邪歸正願。
經文原文：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
解讀：在其來生覺悟時，使那些墮入魔鬼之網和外道邪見的眾生，都能獲得解脫，接受正見，修菩薩行，達到最高的覺悟。
第十大願：免難消災願。
經文原文：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮，及余無量災難陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
解讀：在其來世覺悟時，使那些在世俗社會中犯了王法而身陷牢獄，面臨刑罰的人，一聽到藥師如來的名號時，可以擺脫這些災難痛苦。
第十一大願：得妙飲食願。
經文原文：願我來世得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業。得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味畢竟安樂而建立之。
解讀：在其來生覺悟時，使那些為饑渴逼迫而造惡業者，聽聞藥師如來的名號，得以食飲飽餐，並賦予佛教妙法，使其獲得安樂。
第十二大願：得妙衣具願。
經文原文：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱。若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具、華鬘、塗香、鼓樂、眾伎，隨心所玩，皆令滿足。
解讀：在其來生覺悟時，使那些因貧困無衣而受苦者，聞聽藥師如來名號，獲得各種上好的衣服以及種種裝飾物和娛樂物品，滿足人的種種願望。
《藥師贊》
藥師佛延壽王，
光臨水月壇場。
悲心救苦降吉祥，
免難消災障。
忏悔眾等三世罪，
願祈福壽綿長。
吉星高照沐恩光，
如意保安康。
吉星高照沐恩光，
如意保安康 。